A palavra correta é micro-ondas, pois na nova ortografia, usa-se o hífen quando a vogal que encerra o primeiro elemento é similar à que começa o segundo elemento: micro-ondas, micro-ônibus, micro-organismo, para-atleta, semi-internato, semi-interno, multi-instrumentista.
Exemplo: Vou esquentar meu pão no micro-ondas.
